Фамилия Патрунина образована от имени Патруня, которое может являться формой имен Патрикий и Петр. Имя Патрикий восходит к латинскому patricius – «благородный, патриций». Имя Петр в переводе с древнегреческого означает «камень». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Патрунин, со временем получил фамилию Патрунин.