Фамилия Паймуллина — женская форма, а её мужской вариант Паймуллин. В основе лежит татарское или башкирское мужское имя Паймулла. Разбираем его по составу: первая часть «пай» в тюркских языках означает «доля, часть, удел», а вторая — «мулла» (арабское mawlā — господин, духовное лицо, учёный). Имя Паймулла буквально переводится как «доля муллы» или «часть, принадлежащая мулле». В быту так могли назвать мальчика, родившегося в семье, где кто-то из родственников был муллой, или же ребёнка, посвящённого духовному пути.

Суффикс «-ин» в фамилии Паймуллин — типичный русский патронимический показатель, который в Поволжье и Приуралье закреплялся за многими тюркскими именами при оформлении фамилий в XVIII–XIX веках. Он отвечает на вопрос «чей?»: Паймуллин — сын Паймуллы. Такая модель особенно распространена среди татар, башкир и мишарей, у которых фамилии на «-ин» встречаются чаще, чем у русских, из-за особенностей адаптации арабско-тюркских имён.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог — Пайму́ллина, хотя в устной речи иногда смещается на последний. Географически фамилия тяготеет к Татарстану, Башкортостану и соседним областям — Оренбургской, Челябинской. Встречается она нечасто, что говорит о её сравнительно позднем закреплении или о том, что родоначальник был единственным носителем такого имени в своей деревне.

Интересная деталь: имя Паймулла — не каноническое мусульманское, а скорее бытовое, образованное по той же модели, что и Пайбахта («доля счастья»), Пайбек («доля бека»). Оно подчёркивало не столько религиозный статус, сколько связь человека с общиной или родом: ребёнок как «доля» уважаемого человека. В русских метрических книгах XIX века такие имена иногда записывали как Паймула или Паймулла, отсюда и разнобой в написании фамилии — встречается вариант Паймулов, но он редок.