Фамилия Паймуков — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не ремесло и не внешняя черта, а, скорее всего, тюркское прозвище, связанное с мироощущением или поведением. Ключ к разгадке — в корне «пай-» или «бай-», который в тюркских языках означает «богатый», «господин», «уважаемый». Вторая часть «-мук» — это суффикс, который в диалектах мог придавать слову оттенок постоянного качества или свойства. Таким образом, Паймук — это «тот, кто всегда богат» или «постоянно господин». Прозвище могли дать человеку зажиточному, независимому, либо, наоборот, с иронией — бедняку, который «держался как барин».

Суффикс «-ов» в фамилии — стандартный русский патронимический показатель, указывающий на принадлежность: «сын Паймука». Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Уралу, особенно к территориям, где издавна жили татары, башкиры и чуваши. Встречается она и у русских, но в таких случаях почти всегда указывает на смешанные браки или обрусение тюркского населения. В дореволюционных метрических книгах Паймуковы нередко записаны как «новокрещены» — то есть крещёные татары или чуваши, перешедшие в православие и получившие русскую фамильную модель.

Есть и другая, менее распространённая версия, которая связывает основу с арабским словом «фаим» (победитель, удачливый) через тюркское посредничество. Но она слабее: звуковой переход «ф» в «п» в тюркских языках возможен, но не обязателен, и для фамилии Паймуков нет устойчивых диалектных подтверждений такого заимствования. Правдоподобнее всё же тюркское «бай» с последующей адаптацией.

В XIX веке Паймуковы фиксируются в основном как государственные крестьяне и мещане. Дворянских родов с этой фамилией не известно — в «Бархатную книгу» и Гербовник она не попала. Среди однокоренных фамилий — Паймурзин, Пайметов, Пайкин. Все они держатся на одном корне «пай-» и различаются только суффиксами, что подтверждает: перед нами не случайный одиночный случай, а целое гнездо фамилий, образованных от прозвищ с тюркской основой.