Фамилия Паймушев — одна из тех, что сразу обращает на себя внимание нехарактерной для русского уха основой. В ней нет привычного корня, связанного с ремеслом, внешностью или именем из святцев. Чтобы понять происхождение, придётся заглянуть в этническую историю Поволжья.

Словообразовательная модель здесь проста: суффикс -ев указывает на принадлежность (чей?). Основа — Паймуш. Это личное имя или прозвище, которое бытовало у мордвы (эрзи и мокши). В мордовской антропонимии есть мужское имя Паймуш, и оно не случайно. «Пай» в мордовских языках (эрзянском и мокшанском) означает «бог» или «счастье, удача». Соответственно, Паймуш можно перевести как «божье дитя», «счастливчик» или «богом данный». Имя было распространено в дохристианский период, а после крещения мордвы в XVI–XVIII веках такие имена не исчезли, а перешли в фамилии.

То есть Паймушев — это буквально «сын Паймуша». Фамилия образовалась в среде, где сохранялся патронимический уклад: сын человека по имени Паймуш получал прозвание Паймушев, которое и закрепилось.

Географически фамилия почти наверняка привязана к территории современной Мордовии и соседних областей — Нижегородской, Пензенской, Ульяновской, Самарской. Именно там исторически компактно жила мордва, и именно оттуда фамилия могла распространиться с переселенцами в Сибирь и другие регионы.

В русском контексте фамилия выглядит редкой и легко опознаваемой как нерусская по происхождению. Однако её носители давно могли обрусеть и не помнить о мордовских корнях. Стоит отметить, что в документах XIX века встречаются варианты написания — Паймушев и Паймушов, но оба восходят к той же основе. Другие версии — например, связь с тюркским «бай» (богатый) — менее убедительны, так как мордовское происхождение имени Паймуш подтверждается ономастическими словарями, в частности работами исследователя финно-угорской антропонимии Д. В. Цыганкина.