Фамилия Паймушина — женская форма фамилии Паймушин. Её основа неочевидна для носителя современного русского языка, и разгадка лежит в финно-угорском пласте русской ономастики.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Паймушин — это сын или потомок человека по прозвищу Паймуш. Само прозвище, скорее всего, имеет корни в коми-пермяцком или удмуртском языке. Наиболее правдоподобная версия связывает его с диалектным словом «пай» — доля, пай, часть, и глагольным компонентом «муш» (от «мушны» — мыть, стирать). В таком случае Паймуш — это прозвище человека, занятого промывкой руды или золота, либо, в более бытовом смысле, «моющий свою долю», то есть работник, получающий плату с добытого. В ономастических работах по Волго-Вятскому региону (труды А. Г. Мосина) подобные прозвища фиксируются в среде коми-зырян и удмуртов, занимавшихся кустарной добычей металлов.

Есть и более простая, но менее вероятная версия: от тюркского имени Паймухаммед (счастливый Мухаммед), где конечная часть редуцировалась до «муш». Однако для фамилий с суффиксом -ин, распространённых в северных и приуральских землях, финно-угорская этимология типичнее тюркской.

Географически фамилия Паймушин (и Паймушина) привязана к Удмуртии, Пермскому краю и Кировской области. Носители — потомки крестьян и мастеровых людей, работавших на уральских заводах или занимавшихся лесными и речными промыслами. Фамилия редкая, не попавшая в массовые списки дворянства или купечества, что косвенно подтверждает её происхождение из среды чёрносошного крестьянства и горнозаводского населения.