Фамилия Паймушкин — редкий случай, когда основа не бросается в глаза и не угадывается с ходу. В ней нет очевидного ремесла или крестильного имени. Чтобы понять её корень, нужно заглянуть в тюркские языки и вспомнить, как в русских говорах осваивали чужие слова.

Скорее всего, в основе лежит тюркское имя или прозвище Паймуш (вариант — Баймуш). Тюркский корень «бай» означает «богатый, господин», а суффикс «-мыш/-муш» часто образует имена со значением «тот, кто стал» или «стремящийся». Таким образом, Паймуш (Баймуш) — это «стремящийся к богатству» или «ставший богатым». Имя было распространено у татар, башкир, чувашей, а через них попадало в русскую среду, особенно в Поволжье и Приуралье.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Паймуш- добавили суффикс принадлежности -кин. Вариант с суффиксом -ин (Паймушин) тоже возможен, но форма на -кин указывает на то, что исходное прозвище или имя оканчивалось на «а» или, что чаще в случае с тюркскими заимствованиями, на согласный, который в произношении смягчался. Суффикс -кин даёт ответ на вопрос «чей?»: сын Паймушки. То есть Паймушкин — это «сын человека по имени Паймуш».

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически были сильны тюркско-славянские контакты: Нижегородская область, Марий Эл, Чувашия, Татарстан, Удмуртия. В этих краях фамилия встречается до сих пор. В центральных областях России она редка.

Сословное происхождение определить сложно: носителем мог быть как крестьянин, получивший фамилию по отцу-татарину или чувашу, так и служилый человек, вышедший из «инородцев». В документах XVII–XVIII веков, когда шла массовая христианизация и русификация фамилий, такие тюркские основы нередко закреплялись за целыми семьями.

Ошибочно связывать фамилию с русским словом «пай» (доля) или «паять» — это народная этимология. Паймушкин — фамилия, которая хранит память о межэтническом смешении и о том, как имя с тюркским значением «богатый» прижилось в русской среде, обретя привычный суффикс.