Фамилия Паймуллин — один из тех случаев, когда русская фамилия хранит в себе память о тюркском имени, а не о ремесле или прозвище. Её основа — мужское личное имя Паймулла, которое в свою очередь сложено из двух частей: «пай» (доля, часть, счастье, удача) и «мулла» (мусульманский священнослужитель, учёный). В буквальном, архаичном смысле имя Паймулла можно перевести как «доля муллы» или «удел, данный мулле», но в народной этимологии оно часто осмыслялось как «счастливая доля от муллы» или «благословенный». Имя было распространено среди татар и башкир, что сразу указывает на этнические корни носителей фамилии.

Суффикс -ин в фамилии Паймуллин — классический русский патронимический формант, отвечающий на вопрос «чей?». Он присоединялся к основам на -а, -я и к тюркским именам, оканчивающимся на гласный или мягкий согласный. Таким образом, Паймуллин — это «сын Паймуллы». Модель образования полностью совпадает с фамилиями типа Абдуллин, Галиуллин, Хайруллин: тюркское имя на -улла (от араб. «Аллах») плюс русский суффикс принадлежности. Это типичный пример того, как в XVI–XIX веках русская административная машина адаптировала инородные имена под привычные патронимические формы.

Географически фамилия Паймуллин прочно привязана к Волго-Уральскому региону, в первую очередь к территориям современных Татарстана и Башкортостана, а также к Оренбургской области. Встречается она и у татар-мишарей, и у башкир. Поскольку имя Паймулла не было массовым (оно уступало по частотности таким именам, как Абдулла или Хайрулла), фамилия осталась относительно редкой. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках её носители чаще всего записаны как государственные крестьяне или тептяри (сословие, близкое к крестьянам, но с особым статусом в Башкирии).

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий, где корень затемнён или утрачен, в Паймуллине прозрачно читается не только имя, но и его смысловая окраска. Компонент «пай» в тюркских языках — это не просто доля, а именно счастливая судьба, удача (ср. тат. «пайлы» — удачливый). Поэтому имя Паймулла могло даваться ребёнку как имя-пожелание: чтобы его доля была такой же почётной, как у муллы, или чтобы сам он стал муллой по счастливому стечению обстоятельств. Фамилия, таким образом, несёт в себе не столько профессиональный, сколько благопожелательный заряд.

Споров о происхождении фамилии практически нет: версия с именем Паймулла — единственная убедительная. Попытки связать её с русским словом «пай» (паёк) или с финно-угорскими корнями не выдерживают критики — слишком очевидна арабско-тюркская основа и географическая привязка. Так что Паймуллин — это фамилия, которая почти без изменений донесла до нас старинное мусульманское имя-пожелание, обрусевшее по форме, но не по сути.