Фамилия Паймулин — редкий пример фамилии, образованной от тюркского имени с неочевидной внутренней формой. В основе лежит мужское личное имя Паймула. Первая часть — «пай» — в тюркских языках означает «доля, часть, удел», вторая — «мула» — арабское «мулла» (духовное лицо, учитель). Сложение даёт значение «доля муллы» или «часть, доставшаяся мулле». Скорее всего, так называли ребёнка, родившегося после смерти отца-муллы или в семье, где отец был муллой, — как символическую «долю» от отцовского сана или наследства.

Модель образования проста: к основе Паймула добавили русский патронимический суффикс -ин, характерный для фамилий, образованных от имён, оканчивающихся на -а, -я. Таким образом, Паймулин буквально означает «сын Паймулы». Фамилия закрепилась в среде татар, башкир и других тюркоязычных народов Поволжья и Приуралья, где имена с компонентом «мулла» были широко распространены.

С точки зрения словообразования, фамилия нестандартна для русского уха, но абсолютно закономерна для региона. Встречаются варианты написания Паймуллин — с удвоенной «л» на стыке корня и суффикса, что типично для татарской ономастики, где фамилии на -уллин (от «уллы» — «сын») образуются по другой модели. Паймулин же, с одной «л», указывает на прямое присоединение русского суффикса к тюркскому имени, что выдает более раннюю или более русифицированную ветвь рода.

Примечательно, что фамилия почти не встречается за пределами бывшей Казанской и Оренбургской губерний. Это локальная, «кабинетная» фамилия, возникшая при переписях XIX века, когда крестьянам и мещанам давали фамилии по имени отца. В дореволюционных метрических книгах Паймулины записаны преимущественно как государственные крестьяне из татарских и башкирских деревень.

Если искать аналоги, то однокоренные фамилии — Паймурзин, Паймухаметов, Паймуллин — указывают на ту же модель: «пай» + имя. Но Паймулин стоит особняком: он сохранил архаичное имя, которое сегодня почти вышло из обихода, и тем самым зафиксировал конкретный исторический тип прозвища — не по занятию, а по символической доле в семье.