Фамилия Пегонен — редкий для России случай, когда финская модель образования фамилий встретилась с русским просторечием. С точки зрения происхождения, здесь два возможных пути, и оба заслуживают внимания.

Первый и наиболее очевидный — финский суффикс -нен, который в Финляндии и Карелии образует фамилии от названий мест, прозвищ или профессий (как, например, Виртанен или Мякинен). Пегонен может быть финской фамилией, где основа «пего» — это либо искажённое финское слово, либо заимствование из русского. В финском языке есть слово «peikko» (чёрт, леший) или «peijooni» (чертёнок, проказник), но прямая связь с Пегонен неочевидна. Более вероятно, что финны, жившие среди русских, переняли прозвище «Пегой» (от «пегий» — пёстрый, с белыми пятнами на тёмном фоне) и оформили его по-своему: Пегонен.

Второй вариант — чисто русская основа. Слово «пегий» дало прозвище Пегой, а суффикс -онен мог появиться под влиянием финского языка на северо-западе России (в Карелии, Ленинградской области, на Кольском полуострове). Там русские фамилии нередко получали финское окончание из-за смешения населения: например, в метрических книгах XIX века встречаются Пегоновы, Пегонины, а Пегонен — уже адаптированный вариант. Так что носитель фамилии Пегонен мог быть потомком либо финна-переселенца, которого прозвали «пёстрым» (за внешность или одежду), либо русского, чью фамилию «офинили» по месту жительства.

Географически фамилия тяготеет к Северо-Западу: чаще всего её находили в Карелии, Финляндии (среди ингерманландских финнов) и в Петербургской губернии. В центральной России она почти не встречается. Это сразу указывает на этнический или миграционный контекст: предки Пегонен, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками из приграничных районов, где русский и финский языки смешивались веками.

Словообразовательная модель проста: корень «пег-» (пёстрый) + суффикс -онен (уменьшительно-притяжательный в финском, но в русском воспринимаемый как фамильный). Ударение, судя по финскому аналогу, падает на первый слог: Пе́гонен. В русском языке иногда смещают на последний, но это ошибка.