Фамилия Пехоркин — редкий случай, когда географическое название почти наверняка перевесило личное прозвище. В основе лежит гидроним Пехорка — река в Подмосковье, левый приток Москвы-реки. Жителя по берегам Пехорки могли прозвать Пехоркой, а его потомки получали фамилию Пехоркины. Такая модель образования — от названия реки или местности с суффиксом -ин — типична для центральной России: ср. Рузкин (от Руза), Истрин (от Истра), Яузкин (от Яуза). Менее вероятно, но допустимо, что корень восходит к диалектному глаголу «пехоркать» — кашлять, кряхтеть, и тогда прозвище дали человеку с хриплым голосом. Однако в ономастике действует правило: если есть очевидный и широко известный топоним, он перевешивает гипотетическое прозвище. Пехорка — река не просто существующая, а исторически значимая: на ней стоят Балашиха, старинные сёла Пехра-Покровское и Пехра-Яковлевское. Фамилия Пехоркин, скорее всего, закрепилась за выходцами из этих мест. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Пехоркин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Пехорка. В документах фамилия встречается с XIX века, преимущественно в Московской и соседних губерниях. Позднее, с миграцией, носители рассеялись, но корень остался привязан к конкретной реке, а не к абстрактному качеству.