Фамилия Пекрун — редкий случай, где прозрачная балтийская основа накладывается на восточнославянскую модель наследования. Если отбросить суффикс, который просто указывает на принадлежность («чей?»), в корне остаётся слово Пекрун. Это напрямую отсылает к литовскому Perkūnas — богу грома, молнии и небесного огня, аналогу славянского Перуна. Звуковое смещение «Пер-» в «Пек-» — типичное для говоров белорусского и западнорусского пограничья, где балтизмы перерабатывались по местным фонетическим законам.

Вероятнее всего, фамилия родилась не как языческое имя, а как прозвище. В Литве и на смежных территориях (современные Гродненская, Витебская области, часть Смоленщины) человека могли назвать Пекруном за крутой нрав, громкий голос или профессию, связанную с кузнечным делом — ковка молотом вполне ассоциировалась с «громом». Суффикс -ун в восточнославянских прозвищах активен: он обозначал деятеля или обладателя яркого качества (крикун, бегун, говорун). То есть Пекрун — «тот, кто подобен громовержцу» или «громкий, сердитый человек».

Модель образования фамилии — нулевая, без типичных русских суффиксов -ов/-ев. Такие «чистые» фамилии распространены на Украине и в Беларуси, где прозвище перешло в наследственное имя без дополнительного оформления. Встречается и вариант Пекрунас — с литовским окончанием, что подтверждает двуязычную среду возникновения. Географически фамилия Пекрун сегодня фиксируется в основном в Беларуси и на северо-западе России, единично — в Литве среди русскоязычных семей.

Спорных версий немного: иногда Пекрун связывают с диалектным глаголом «пекти» (печь), но связь с громовержцем и балтийским корнем выглядит убедительнее — слишком точное совпадение с именем верховного божества, которое в народной памяти сохранялось веками. Сословных ограничений у фамилии нет: её могли носить и крестьяне, и мещане, и шляхта — прозвище не указывало на происхождение, только на личную характеристику.