Фамилия Пеклун образована от аналогичного прозвища, которое восходит к глаголу «пеклевать», что означает «чисто, мелко молоть и просеивать». Вероятно, предок обладателя фамилии Пеклун занимался молотьбой и просеиванием злаковых культур, либо был торговцем пеклеванной муки.