Фамилия Пеликите — редкий случай, когда географическое происхождение угадывается почти сразу, а вот с корнем приходится разбираться. Форма на -ите (а не на -ов, -ин или -ский) сразу выдаёт литовские или, шире, балтийские корни. В литовском языке фамилии женщин часто образуются прибавлением суффикса -ите (-ytė): это указание на незамужнюю женщину, дочь. Мужской вариант здесь — Пеликис (Pelikis). Так что Пеликите — это, скорее всего, фамилия женщины, записанная в девичьей форме, что типично для литовской ономастической традиции.

Теперь об основе — «Пелик-». Самый прямой путь — от литовского слова pelė (мышь). Суффикс -ik- в литовском часто образует названия живых существ или предметов по характерному признаку. Пеликис могло означать «мышонок» или «тот, кто похож на мышь» — прозвище для маленького, юркого, тихого человека. Такие прозвища по животным были распространены во всех европейских культурах: не обидное, а описательное.

Есть и менее очевидная версия. В литовском есть глагол pelėti — «гнить, преть», а также pelkė — «болото». Пеликис могло быть прозвищем человека, жившего у болота или имевшего дело с сырыми, «гнилыми» местами. Однако такое толкование менее вероятно: прозвища от «болота» обычно более прямые (Пелкис, Пелкус), а форма с -ik- чаще указывает на уменьшительность или принадлежность. Версия с «мышью» выглядит естественнее.

Встречается фамилия Пеликите почти исключительно в Литве и у литовской диаспоры. В России, Беларуси или Польше она может быть следствием миграции или литовского происхождения семьи. Из-за своей формы фамилия почти всегда указывает на женский пол носителя, поэтому в исторических документах мужчины той же семьи будут записаны как Пеликис.