Фамилия Пеликова — женская форма мужской фамилии Пеликов, а та образована от прозвища или нецерковного имени Пелик. В основе лежит слово «пелика» — так в южных и западных говорах называли пеликана. Птица эта на Руси была известна, но редко встречалась в дикой природе, поэтому прозвище Пелик могли дать человеку за внешнее сходство: за большой нос, мешок под клювом или неуклюжую походку. Возможно иное, более прозаичное объяснение: в тех же говорах «пеликой» называли неуклюжую, неповоротливую женщину или большую широкую ладонь. Тогда прозвище Пелик мог получить крупный, медлительный мужчина.

Суффикс -ов в фамилии Пеликов указывает на притяжательное значение: «чей?» — Пеликов, то есть сын или потомок Пелика. Такая модель — самая распространённая в русской фамильной системе: от прозвища или имени отца с помощью суффикса -ов/-ев. Географически фамилия тяготеет к южнорусским областям — Курской, Воронежской, Ростовской, где слово «пелика» было в ходу. Встречается и на Украине, где «пеліка» означало то же самое.

Редкость фамилии Пеликова в том, что она не связана с распространёнными церковными именами или ремёслами, а опирается на диалектное название птицы. В XIX веке носители фамилии чаще всего были крестьянами или мещанами. В дворянских родословных книгах Пеликовы не значатся, что типично для фамилий, образованных от прозвищ, а не от географических названий или родовых имён.

Однокоренных фамилий немного: Пеликанов, Пеликашин, Пелин — все они восходят к тому же корню «пелик-», но с разными суффиксами. Фамилия Пеликова, в отличие от Пеликанова, сохранила более архаичную форму без «ан», что говорит о её раннем происхождении — не позднее XVII века.