Фамилия Пеликан — редкий случай в русской ономастике, когда прозвище, данное человеку, совпало с названием экзотической птицы. В отличие от фамилий на -ов/-ев или -ин, которые образуются от имени или профессии отца, Пеликан стоит особняком: это «прямая» фамилия, застывшее прозвище без типичного русского суффикса. Такая модель встречается в основном у фамилий семинарского происхождения или у поздних, книжных прозвищ.

Самый вероятный путь появления — духовная среда. В семинариях XVIII–XIX веков ученикам нередко давали «говорящие» фамилии по названиям животных, растений, библейских символов. Пеликан в христианской традиции — аллегория Христа и жертвенной любви: считалось, что пеликан разрывает собственную грудь, чтобы накормить птенцов кровью. Поэтому фамилия Пеликан могла достаться сыну священника или самому семинаристу как «перевод» его поведения или как искусственная фамилия при поступлении в училище.

Вторая версия — мирское прозвище. Хотя пеликанов в России не водится, прозвище могли дать человеку за внешность: длинный нос, большой рот, мешковатую одежду или неуклюжую походку, напоминающую птицу. Такое прозвище фиксировали в документах без изменений, и оно переходило к детям как фамилия. Однако эта версия менее правдоподобна: в крестьянской среде прозвища чаще русифицировали суффиксами (Пеликанов, Пеликанцев), а «голая» форма Пеликан встречается реже и обычно указывает на книжное, а не бытовое происхождение.

Географически фамилия не привязана к какому-то одному региону. Встречается и на юге России, и в центральных губерниях, и среди потомков духовенства по всей стране. В польской и украинской традиции фамилия Пеликан тоже существует, но там она могла возникнуть самостоятельно, как прозвище или шляхетская фамилия от герба (пеликан — распространённый геральдический символ).

Таким образом, носитель фамилии Пеликан с большой вероятностью происходит из семьи священнослужителей или получил фамилию в духовном училище. Прямое значение — «человек, похожий на пеликана» — вторично, а первичен книжный символизм.