Фамилия Пелогеин — редкая и неочевидная по происхождению. В русском языке она выглядит инородно: сочетание «ео» и окончание «-ин» намекают на искусственное или заимствованное образование, но при ближайшем рассмотрении всё оказывается прозрачнее.

Скорее всего, в основе фамилии лежит греческое слово «пелагос» (πέλαγος) — «море». От него образовано прилагательное «пелагический» (относящийся к открытому морю, глубинный) и, в частности, имя Пелагея — женское имя, означающее «морская». Фамилия Пелогеин могла возникнуть как вариант или искажение фамилии Пелагеин (от имени Пелагея), но с заменой «а» на «о» под влиянием народной этимологии или диалектного произношения. Другая версия — отчество от прозвища Пелогей, которое, в свою очередь, могло быть переосмыслением греческого «пелагос» в бытовом контексте: так могли называть человека, связанного с морем, рыбака или моряка. Однако в крестьянской среде, где море было редкостью, такое прозвище могло быть книжным или семинарским — давалось ученикам духовных училищ по названиям растений, животных или географических понятий.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Пелогеин, то есть сын или потомок Пелогея (или Пелагеи). Это типичная модель русских фамилий от женских имён (Пелагеин, Марьин, Татьянин) или от мужских прозвищ на -ей (Беспалый → Беспалкин, но здесь — Пелогей → Пелогеин). Важно, что фамилия не укладывается в стандартную схему «-ов/-ев» для мужских имён, что дополнительно подтверждает её происхождение либо от женского имени, либо от прозвища с редким окончанием.

Географически фамилия Пелогеин почти не встречается в современных базах данных. Единичные носители зафиксированы в южных регионах России, в частности на Кубани и в Ростовской области, где исторически было сильное греческое влияние и где могли оседать выходцы из духовного сословия. В метрических книгах XIX века эта фамилия изредка попадается среди мещан и священнослужителей, что поддерживает версию о семинарском или искусственном происхождении — такие фамилии часто давали в духовных училищах выпускникам, не имевшим наследственной фамилии, по красивым или редким греческим корням.

Таким образом, Пелогеин — фамилия, скорее всего, книжного происхождения, связанная с морем или именем Пелагея, и сохранившаяся в виде редкого ономастического реликта. Её носители в прошлом могли быть либо потомками человека по имени Пелагея, либо выходцами из духовного сословия, получившими фамилию по греческому слову.