Фамилия Пелогенко звучит необычно для русского уха, и это сразу подсказывает путь поиска. Её основа — «Пелоген» — явно не славянского происхождения, а суффикс «-енко» указывает на украинскую или южнорусскую модель образования. Скорее всего, перед нами украинская фамилия, возникшая в среде, где греческое влияние было ощутимо, — например, в Причерноморье, на юге современной Украины или среди казачества, контактировавшего с греческими колониями.

Самая прямая версия: в основе лежит греческое имя Пелоген (Πελογένης). В греческой антропонимике это имя не было широко распространено, но его можно разобрать как «рождённый из грязи» (от πηλός — глина, ил, грязь и γένος — род, происхождение). Звучит странно для имени, но в античной традиции существовали мифологические персонажи, «рождённые из земли» (автохтоны), и такое имя могло быть прозвищем для крепкого, приземлённого человека или для того, кто работал с глиной — гончара, кирпичника. В православных святцах имя Пелоген не встречается, поэтому в фамилию оно перешло, скорее всего, через прозвище, а не через крестильное имя.

Фамилия образована по продуктивной модели: прозвище Пелоген + патронимический суффикс «-енко», означающий «сын» или «потомок». То есть Пелогенко — это «сын Пелогена». Такая форма типична для Левобережной Украины, особенно для Полтавщины и Черниговщины, но носители могли расселиться и дальше, вплоть до Кубани и Дона.

Менее вероятная, но возможная версия — искажение или переосмысление на русской почве другой фамилии. Например, украинская фамилия Пелешенко (от «пелехатий» — лохматый, косматый) могла под влиянием греческого окружения или просто из-за ошибки писаря превратиться в Пелогенко. Но это лишь догадка, не подкреплённая документами.

Географически фамилия редкая. В современных базах данных она встречается единично, преимущественно на юге России и в Украине. Сословной принадлежности предков по одной фамилии не определить, но суффикс «-енко» в XVII–XVIII веках был характерен для казацкой старшины и мещан, реже — для крестьян. Если Пелогенко был гончаром или строителем, то он мог быть ремесленником или казаком, взявшим прозвище по занятию.

Итог: фамилия Пелогенко — украинская, образована от прозвища или имени греческого происхождения Пелоген, что, вероятно, указывало на связь с глиной или гончарным ремеслом.