Фамилия Пелогеина — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а географическое название, причем неочевидное для русского уха. Корень здесь — Пелопоннес, полуостров в Греции. В русском языке XIX века, особенно в среде образованного духовенства и дворянства, было принято образовывать фамилии от названий святых мест, городов и областей, связанных с историей христианства. Пелопоннес — родина апостола Андрея и многих раннехристианских святынь, поэтому человек, получивший прозвище Пелопонес или Пелогей, мог быть либо паломником, либо выходцем с этих земель, либо, что вероятнее, семинаристом, которому дали «звучную» фамилию при поступлении в духовное училище.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Пелогеин — сын или потомок Пелогея. Сама основа претерпела фонетическое упрощение: полное «Пелопоннес» в разговорной речи сократилось до «Пелогей» (выпадение слога «пон» и смягчение конечного согласного). Такое стяжение характерно для народной этимологии, когда длинное иноязычное слово подгоняли под привычные модели. В результате фамилия звучит почти как отчество от редкого канонического имени, хотя на самом деле перед нами — книжная, «кабинетная» фамилия, созданная искусственно, но прижившаяся в реальных родах.

Встречаемость фамилии крайне низкая. В основном она фиксируется в центральных губерниях России, где были сильны семинарские традиции, — например, в Рязанской, Владимирской, Московской. Сословно носители Пелогеиных, скорее всего, принадлежали к духовенству или, реже, к купечеству, получившему образование. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано: в среде аристократии предпочитали более благозвучные греческие заимствования вроде Палладиев или Афинских.

Интересно, что фамилия Пелогеина может быть и женской формой, если речь идет о носительнице. В мужском варианте — Пелогеин. Ударение, судя по структуре, падает на последний слог: Пелоге́ин, но в бытовой речи нередко смещается на второй — Пело́геин, по аналогии с фамилиями на -еин (например, Андре́ев — Анде́ев). Второй вариант ближе к разговорному произношению, но орфоэпические словари эту фамилию не фиксируют из-за редкости.

Сравните с однокоренными: Пелопоннесов, Пелопонов — все они восходят к тому же топониму, но Пелогеин стоит особняком благодаря своему необычному стяжению. Если вы встретили эту фамилию в старых метрических книгах, велика вероятность, что предок был либо священником, окончившим семинарию, либо учителем греческого языка в уездном училище.