Фамилия Пендерецкая — женская форма от Пендерецкий. В её основе лежит географическое название, что сразу указывает на вероятное происхождение: предок носительницы этой фамилии либо владел землёй в местечке Пендерец, либо жил в нём. Суффикс -ецк-/-цк- (в женском роде -ецк-ая) типичен для польских и западнорусских фамилий, образованных от названий населённых пунктов. Сам топоним Пендерец (или Пендерцы) скорее всего восходит к диалектному слову «пендер» — так в некоторых славянских говорах называли крутой склон, обрыв или холм. В этом случае фамилия несёт ландшафтную характеристику: предки жили на возвышенности или у обрыва.

Менее вероятна, но допустима версия связи с личным именем Пендер (краткая форма от Пантелеймон или Панкратий). Однако для фамилий с суффиксом -ский такая основа встречается реже: обычно их образуют от названий мест, а не от имён. Если же принять версию с именем, то Пендерецкий — «сын Пендера», а Пендерецкая — его дочь или жена.

Фамилия встречается в основном на территории современной Украины и в южных областях России, что согласуется с зоной бытования польских и украинских фамилий на -ский. В дореволюционных метрических книгах Пендерецкие могли записываться как мещане или крестьяне, но реже — как дворяне, если род владел землёй в одноимённом хуторе. Точных сведений о дворянском статусе нет, но сама модель фамилии (географическая + -ский) в Польше и Речи Посполитой часто указывала на шляхетское происхождение, хотя позже её переняли и непривилегированные сословия.

Поскольку фамилия редкая, её носительницы сегодня могут столкнуться с путаницей в написании: иногда встречается вариант Пендерецкая с двумя «е» в середине (Пендерецкая), что искажает исходную форму. Правильное ударение — на второй слог: Пендере́цкая.