Фамилия Пеннер почти наверняка имеет немецкие корни и связана с глаголом pennen — «спать, ночевать». Так могли прозвать соню, любителя вздремнуть, или, что вероятнее, человека, который давал ночлег проезжим, — содержателя постоялого двора. Вторая версия, норвежская, возводит фамилию к слову penn («перо»), но она слабая: слишком далека и географически, и по смыслу, чтобы всерьёз её рассматривать.

Сама фамилия — это типичная немецкая модель без суффикса: основа глагола или прозвища напрямую стала семейным именем. Такие фамилии часто закреплялись за ремесленниками, трактирщиками или людьми с яркой чертой характера. В русской среде фамилия Пеннер не получила дополнительных окончаний вроде -ов или -ин, потому что попала в документацию уже в готовом виде, как неделимое целое.

Носители фамилии в России и бывшем СССР — это, как правило, потомки немецких колонистов, переселившихся в Поволжье или на юг империи в XVIII–XIX веках. В тех общинах фамилии фиксировали по церковным книгам, и Пеннер встречалась среди ремесленников и крестьян. Сегодня она остаётся редкой, но узнаваемой, и в ней слышится не столько прозвище, сколько память о быте тех, кто когда-то кормился постоялым двором или просто славился крепким сном.