Фамилия Пенние — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Сразу бросается в глаза её окончание: -ие. В русской фамильной системе это нетипично. Обычно такие окончания встречаются у фамилий, образованных от прилагательных во множественном числе (например, Благие, Косые), либо у фамилий, заимствованных из других языков. В случае с Пенние скорее всего работает второй вариант.

Самая вероятная версия — фамилия имеет латышские или литовские корни. В латышском языке слово pēns означает «старик», «старец», а pēnis — уменьшительная форма. Суффикс -ие здесь мог возникнуть при русификации: латышскую фамилию Pēnis или Pēnie на русской почве оформили как Пенние, подогнав под окончание, похожее на русское притяжательное прилагательное. Предок носителя такой фамилии мог получить прозвище «Старик» или «Дедушка» — не обязательно за возраст, а скорее за умудрённость, почтенный вид или старшинство в общине.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с немецким Pfennig (пфенниг, мелкая монета). Немецкие фамилии на -ig при переносе в русскую среду иногда теряли согласный и трансформировались: Pfennig → Pfennie → Пенние. В этом случае фамилия могла принадлежать меняле, казначею или человеку, который собирал подати. Однако это лишь гипотеза: в русских документах такая форма почти не встречается, и для неё нет надёжных подтверждений.

В дореволюционных записях фамилия Пенние практически не фиксируется. Это говорит о том, что она либо была крайне локальной (например, в одной из западных губерний), либо появилась в результате поздней паспортизации, когда фамилии записывали со слов носителя. Поиск по современным базам также показывает единичные случаи — в основном в Прибалтике и на северо-западе России. Если вы встретили эту фамилию в своей родословной, имеет смысл искать предков среди латышей, литовцев или остзейских немцев.

Других однокоренных фамилий в русском языке практически нет. Это дополнительный аргумент в пользу заимствованного происхождения: фамилия стоит особняком, не вписываясь в типовые словообразовательные модели (Пенников, Пенкин и т. п. имели бы другую основу, от слова «пень»).