Фамилия Пенушкина имеет русское происхождение, на что указывает структурный элемент –ин. Данная фамилия образована от прозвища Пенушка, которое, в свою очередь, восходит к нарицательному «пена». Так называют беловатую непрозрачную и легкую пузырчатую массу, образующуюся на поверхности некоторых жидкостей при сильном колыхании, взбалтывании, нагревании, брожении. В переносном значении «пена» - это «легкая, воздушная масса, застилающая собою что-либо». Таким образом, можно говорить о том, что человек с прозвищем Пенушка, скорее всего, обладал мягким характером, был легким на подъем для какого-либо дела или имел очень кудрявые волосы, которые как будто пенились. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пенушка, со временем получил фамилию Пенушкина.