Фамилия Пеняр — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Самое вероятное объяснение: она образована от личного прозвища или имени Пеня. В русских говорах слово «пеня» означало упрёк, укор, выговор, а также денежное взыскание, штраф (отсюда выражение «пенять на себя»). Прозвище Пеня могли дать человеку въедливому, любящему читать нотации, или, наоборот, тому, кто часто попадал под штрафы. Суффикс -ар в фамилии указывает на деятеля: Пеняр — это «тот, кто связан с пеней», то есть либо сам строгий блюститель порядка, либо вечно оштрафованный.

Менее вероятна, но возможна связь с польским словом «pieniać się» (пеняться, сердиться) или с белорусским диалектным «пеня» (пень, колода). В таком случае фамилия могла бы иметь географическое происхождение из западных регионов бывшей Речи Посполитой. Однако для русского ономастикона модель «основа + -яр» встречается реже, чем типичные -ов или -ин, что делает фамилию Пеняр скорее прозвищной, а не патронимической.

Встречаются единичные носители фамилии в Беларуси и на западе России. Сословная принадлежность предков, скорее всего, крестьянская или мещанская — фамилии на -яр, как правило, не дворянские. Поскольку фамилия нечастотная, её носители, вероятно, происходят из одного локального рода, а не из разных ветвей.