Фамилия Пензуткин — редкий случай, когда географическое название не просто легло в основу, а ещё и обросло неочевидным суффиксом. Вопреки первому впечатлению, напрямую от города Пенза её не образовали: стандартная модель дала бы Пензев или Пензин. Здесь сработал другой механизм.

Корень «пенз-» восходит к прозвищу Пензут (или Пензют). В русских говорах так могли назвать человека с пензенскими корнями — переселенца из Пензы или Пензенской губернии, который говорил на местный манер. Суффикс -ут- в прозвищах встречается нечасто, он придаёт слову оттенок ласкательности или принадлежности (сравните: Мишута, Ванюта). То есть Пензут — это «пензенский малый», «выходец из Пензы». А уже от этого прозвища по обычной русской модели притяжательности образовали фамилию: Пензуткин — «сын Пензута».

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с диалектным глаголом «пензить» — медлить, мешкать, возиться. В этом случае Пензут — прозвище нерасторопного человека. Но против этой гипотезы говорит редкость самого глагола и отсутствие устойчивых параллелей в фамилиях соседних регионов. Географическая привязка выглядит убедительнее.

Фамилия почти наверняка сформировалась на территории бывшей Пензенской губернии или в соседних областях (Тамбовская, Саратовская, Нижегородская). Встречается она редко, и это косвенно подтверждает локальный характер прозвища: Пензутом звали не каждого пензенца, а того, кто уехал из родных мест и получил это прозвище уже на новом месте. Так фамилия закрепилась за небольшим родом, а не распространилась по всей стране.