Фамилия Пердунчик — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранило свою исходную, почти не завуалированную форму. В отличие от большинства «неблагозвучных» фамилий, которые со временем облагораживались суффиксами или меняли звучание (вроде Пердунов или Пердяев), здесь мы видим прямой, почти уменьшительно-ласкательный вариант.

Корень здесь очевиден: древнерусское «пердѣти» — издавать кишечные газы. В старину это не было табуированной темой. Прозвище Пердун давали либо человеку с соответствующей физиологической особенностью (что фиксировали как характерную примету в переписных книгах), либо, что не менее вероятно, крикливому, вздорному или пустому болтуну — в переносном смысле «пердеть» означало говорить вздор или суетиться без толку.

Суффикс -чик в данном случае — не столько уменьшительный, сколько модель образования фамилий от прозвищ на -ун. Схема простая: Пердун → Пердунчик («сын или потомок Пердуна»). Такая модель встречается в западнорусских и украинских землях, где фамилии на -ик, -чик, -ук были особенно распространены. Это косвенно указывает на возможное происхождение рода из белорусских или малороссийских губерний Российской империи.

Фамилия исключительно редкая. В дореволюционных справочниках она не фиксируется — вероятно, носители сознательно меняли её на более благозвучные варианты или записывались под другими фамилиями при переписях. В современной России она встречается единично, в основном на юге и в центральных областях. Сословная принадлежность предков, скорее всего, крестьянская или мещанская — в дворянской среде такие прозвища не приживались.

В ономастике эту фамилию часто приводят как хрестоматийный пример того, что «неприличное» для современного уха слово в прошлом было обычным бытовым прозвищем, не несшим оскорбительного смысла.