Фамилия Пердюкаганова — один из тех редких случаев, когда основа читается почти буквально, но при этом не является грубой или обсценной. В её основе лежит диалектный глагол «пердюкать» — то есть издавать звуки, похожие на пердение, или, в переносном смысле, бормотать, ворчать, говорить невнятно. В русских говорах, особенно северных и сибирских, «пердюка» — это либо ворчун, либо человек, который постоянно что-то недовольно бурчит себе под нос. Так что первый носитель прозвища Пердюка был, скорее всего, не злым, а просто брюзгливым или неразборчивым в речи.

Суффикс -ганов- в фамилии — редкая и выразительная деталь. Обычно такие суффиксы (-ган, -аган) встречаются в прозвищах с экспрессивной, часто уничижительной окраской: «злыдень» — «злыдняга», «гуляка» — «гуляга». Здесь к основе «пердюк» добавили «-ан», а потом «-ов», чтобы образовать фамилию. Получается, что Пердюкаганов — это сын или потомок человека по прозвищу Пердюкаган, то есть «большой ворчун» или «громкий буркотун». Такая модель словообразования (прозвище + -ган + -ов) характерна для фамилий, возникших в крестьянской среде, где меткое и часто нелестное прозвище могло закрепиться за родом.

Географически фамилия почти наверняка тяготеет к северным или центральным областям России, где сохранялась традиция прозвищ с «-га» и «-ан». В южнорусских говорах и на Украине подобная форма была бы менее вероятна. Встречаемость фамилии крайне низкая — скорее всего, она существует в одном-двух сёлах или даже в одной семье, которая не мигрировала далеко. В официальных реестрах и базах данных фамилия практически не фиксируется, что подтверждает её локальный и, возможно, недавний характер (XVII–XIX века).

Сравните с однокоренными фамилиями: Пердюков, Пердюкин, Пердюковский. Все они восходят к тому же корню, но суффикс -ганов- резко выделяет Пердюкаганову как более «народную», диалектную и даже чуть гротескную форму. В современном русском языке фамилия звучит необычно и может вызывать улыбку, но её этимология прозрачна и не содержит ничего оскорбительного — это просто прозвище предка, который имел привычку ворчать или говорить невнятно.