Фамилия Перебоец — редкий пример, когда основа прозвища сохранилась почти без изменений, минуя типичные суффиксы -ов или -ин. Перед нами не отчество и не «сын такого-то», а прямое именование человека по действию или занятию. Суффикс -ец в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность к месту или роду деятельности: кузнец, торговец, стрелец. Перебоец — тот, кто «перебивает».

Самое очевидное значение — профессиональное. Перебойцем на Руси могли называть скупщика, перекупщика, который сбивал цену на торгах или перебивал товар у других продавцов. В словаре Даля «перебой» — это перекуп, а «перебойщик» — барышник, маклер. Вторая версия связана с кузнечным делом: «перебить» — значит выковать заново или исправить вещь, так что Перебоец мог быть подмастерьем или мастером, который правил бракованные изделия. Третий, менее вероятный вариант — прозвище драчуна или задиры, который «перебивал» спокойствие, но эта гипотеза слабее, так как для агрессивного поведения в языке были более ходовые прозвища (Боец, Драч).

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям, где суффикс -ец в фамилиях встречается чаще, чем в северных регионах. Встречаются варианты написания Перебоиц, Перебоець, что может указывать на украинское или белорусское происхождение. В документах XIX века носители фамилии фиксировались в основном среди мещан и государственных крестьян — то есть сословий, где человек получал прозвище не по наследственному роду, а по личному ремеслу или месту в торговом ряду.

Однокоренные фамилии — Перебойкин, Перебоев — образованы по другой модели, через притяжательные суффиксы, и означают «чей-то сын». Перебоец же стоит особняком: это не сын Перебоя, а сам Перебоец. Фамилия сохранила память о конкретном человеке, которого в небольшом городке или слободе знали по его делу — сбивал ли он цены на базаре или перековывал лошадей.