Фамилия Перебоева образована от прозвища Перебой. Оно восходит к аналогичному слову, которое означает «убить до смерти многих». Вероятно, данное прозвище получил храбрый воин, отличившийся в битве. Однако у слова «перебой» были и другие значение. Перебоем могли называть богатого человека, который перебивал любую цену, не торгуясь, либо же того, кто постоянно перебивал своих собеседников, не давал сказать им ни слова. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Перебой, со временем получил фамилию Перебоева.