Фамилия Перебора — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не географическое название, а отвлечённое понятие. Она образована от глагола «перебирать» — в старину так говорили о человеке, который слишком разборчив, привередлив, «перебирает» варианты, не может остановиться на одном. Прозвище Перебора давали тому, кто долго выбирал невесту, товар или место службы — отсюда и насмешливое, но точное имя.

Словообразовательная модель проста: основа глагола «перебира-» плюс суффикс -а, типичный для прозвищ (сравните: Непоседа, Заика, Гуляка). Фамилия закрепилась в виде Перебора без дополнительных суффиксов — это так называемая «неоформленная» фамилия, которая совпадает с исходным прозвищем. Такие фамилии встречаются реже, чем на -ов или -ин, и чаще всего в северных и центральных губерниях России, где прозвищная традиция держалась дольше.

В отличие от фамилий Переборов (с патронимическим суффиксом) или Переборкин, форма Перебора сохранила архаичный вид: она склоняется как существительное женского рода, хотя носитель — мужчина. Это нередко путает при заполнении документов, но именно такая особенность указывает на древность прозвища.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) подобные образования относят к группе прозвищ, описывающих поведение или характер. Прямых упоминаний фамилии в исторических актах XVII–XVIII веков мало, но однокоренные фамилии Переборов и Переборщиков встречаются в переписных книгах Новгородской и Вологодской губерний. Это подтверждает, что прозвище бытовало в крестьянской среде, где меткое слово легко становилось родовым именем.

Современные носители фамилии Перебора рассеяны по России, но чаще встречаются в Поволжье и на юге Урала. Фамилия не имеет отношения к музыкальному термину «перебор» (гитарный приём) — это более позднее, техническое значение слова. Прозвище Перебора старше и живёт в языке как память о характере предка, который знал себе цену и не спешил с выбором.