Фамилия Перебойчук — яркий пример украинской модели образования, где прозвище или профессия превращались в родовое имя с помощью суффикса -чук. Этот суффикс в украинской ономастике означает «сын» или «ученик» того, кто обозначен в корне. То есть Перебойчук — это буквально «сын Перебоя» или «сын Перебойка».

Основа фамилии — «перебій» (в украинском произношении «перебій»), что значит «перебой», «сбой», «перерыв», а также «бой» в значении «битва» или «драка». Отсюда два основных пути происхождения. Первый — прозвище для человека, который работал с перебоями, был ненадёжным или, наоборот, умел прерывать работу других (например, мельник, останавливающий помол). Второй — более вероятный в контексте военных или ремесленных прозвищ: «перебой» могло означать человека, который «перебивал» противника в бою, то есть был задирой или умелым воином. В украинских диалектах слово «перебій» также фиксировалось как название инструмента или детали в ткачестве — возможно, предок был ткачом или кузнецом.

Географически фамилия тяготеет к центральной и западной Украине, особенно к Винницкой, Хмельницкой и Житомирской областям. В России встречается редко, чаще всего у потомков переселенцев с Украины. Интересно, что фамилия не имеет аристократических корней — она крестьянская или казацкая, что типично для украинских фамилий на -чук. В ревизских сказках XVIII–XIX веков Перебойчуков можно найти среди свободных крестьян и казаков, а не среди дворян.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Перебийнос (от «перебий ніс»), Перебийвус — показывает, что модель была продуктивной: люди получали прозвища по действию или качеству, а затем — фамилию. Перебойчук стоит в этом ряду как более простая форма без глагольного суффикса, что говорит о его древности: вероятно, прозвище Перебой закрепилось ещё в XVI–XVII веках. Спорных версий, кроме указанных, нет — корень прозрачен, а суффикс однозначно указывает на украинское происхождение.