Фамилия Перегутова — женская форма, мужская — Перегутов. В её основе лежит прозвище или некалендарное имя Перегут. Слово «перегут» в русских говорах, особенно северных и сибирских, означало «переполох», «суматоха», «шум». Так могли прозвать беспокойного, суетливого человека, который вечно в движении и создаёт вокруг себя волнение. Версия, что прозвище связано с глаголом «перегудить» (переиграть на гудке или перешутить), менее вероятна, но не исключена: в таком случае прозвище мог получить мастер-гусельник или балагур.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ов- присоединился к основе Перегут, образуя притяжательное прилагательное («чей?» — Перегутов). Это указывает на то, что фамилия складывалась в среде крестьян и посадских людей, где детей записывали по имени или прозвищу отца. В документах XVI–XVII веков встречаются однокоренные «перегутные» прозвища, но сама фамилия Перегутов — редкая, локальная. Она почти не фиксируется в центральных губерниях, зато встречается в Вологодской, Архангельской и Пермской областях — там, где сохранились архаичные говоры и слово «перегут» было в ходу.

Если ваш предок — Перегутов, он, скорее всего, происходил из северных или уральских крестьян, а прозвище получил за характер: либо за непоседливость, либо, что реже, за любовь к музыке и шуткам. Фамилия не имеет отношения к тюркским или финно-угорским основам — это чисто русское диалектное слово, вышедшее из употребления.