Фамилия Перенижко — редкий случай, когда прозвище застыло в почти неизменном виде, сохранив глагольную основу и украинский суффикс -к(о). Это типичная фамилия восточнославянского происхождения, скорее всего, с территории современной Украины или юга России, где суффикс -к(о) (в русской передаче часто -ко) образует фамилии от прозвищ и профессий.

Её основа — глагол «перенижать» или «перенизать». В диалектах и старом языке это означало «перебирать», «нанизывать заново» или, в переносном смысле, «переделывать что-то мелкое и кропотливое». Скорее всего, прозвище Перенижко получил человек, который занимался ремеслом, связанным с нанизыванием: бисероплетением, изготовлением чёток, ожерелий, или, что вероятнее, — рыболовецким делом, где нужно было нанизывать улов или перебирать сети. Вторая версия, менее вероятная, — прозвище дали за привычку постоянно что-то перебирать, «перенижать» в прямом смысле, то есть быть суетливым или дотошным.

В отличие от многих фамилий на -ко, которые со временем русифицировались (Перенижкин), форма Перенижко осталась без изменений. Это указывает на то, что фамилия закрепилась поздно, в XIX веке, когда на юге империи уже не стремились переделывать украинские фамилии на великорусский лад. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Перени́жко, что также характерно для украинской модели.

Фамилия крайне редкая. Поиск по базам данных показывает единичные случаи в Черкасской области Украины и на Кубани. Встречаются варианты написания (Перенижко, Перерижко), но это, скорее всего, ошибки переписчиков, так как корень «перениж-» устойчив и ясен. Социальный контекст: предки носителя фамилии — скорее всего, ремесленники или крестьяне, занимавшиеся мелким ручным трудом, а не крупные землевладельцы.