Фамилия Перепадина — женская форма, в то время как мужская — Перепадин. Её основа — прозвище или нецерковное имя Перепада. Чтобы понять, что оно означало, достаточно вслушаться в глагол «перепадать». В русских говорах у него несколько значений, и все они бытовые, без претензии на героику.

Самое прямое — «перепадать» кому-то, то есть доставаться, выпадать на долю, часто в малом количестве. Человек по прозвищу Перепада мог быть тем, кто живёт с перепадающих крох, подбирает то, что осталось. Но есть и другая, более конкретная версия. В диалектах «перепада» называли неровную, бугристую землю, чередование оврагов и холмов — «перепадистую» местность. Тогда Перепада — это крестьянин, чей надел располагался на таком неудобном, всхолмлённом участке. Или же прозвище дали по характеру: человек «перепадистый», то есть непостоянный, у которого настроение и дела идут то в гору, то под гору.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность «чей?» — сын или потомок Перепады. Такие фамилии чаще всего встречались в среде крестьян и посадских людей, где прозвища давали по приметному свойству, занятию или месту жительства.

В ономастических справочниках фамилия Перепадин (и Перепадина) не относится к числу распространённых. Она редкая, что косвенно подтверждает её локальное происхождение — прозвище могло возникнуть и закрепиться в одной-двух волостях. Встречается она преимущественно в центральных и северных областях России, где диалектное слово «перепада» в значении «неровная местность» было в ходу. Однокоренные фамилии — Перепадов, Перепадя — встречаются ещё реже и могут быть украинскими или белорусскими вариантами с другим суффиксом.