Фамилия Перепадин — одна из тех, что кажутся прозрачными, но при ближайшем рассмотрении таят несколько возможных корней. Её основа — «перепад» — сразу вызывает в памяти образ перепада высот, неровной местности или резкой смены чего-либо. Однако в русской антропонимии за фамилиями редко стоит абстрактное понятие; почти всегда за ними стоит конкретное прозвище, профессия или топоним.

Самый прямой путь — прозвище Перепада, данное человеку, жившему в овражистой, холмистой местности, где постоянно встречались «перепады» рельефа. Такие прозвища по месту жительства были обычны: Живущий на перепаде, у обрыва или крутого склона. Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Перепады». В этом случае фамилия входит в обширную группу «географических» русских фамилий, наряду с Загорским, Долининым или Овражкиным.

Вторая, не менее правдоподобная версия, отсылает к глаголу «перепадать» в значении «перепасть» — то есть «достаться», «выпасть на долю». В диалектах «перепада» могло означать человека, которому что-то «перепало» — наследство, доля, или же, напротив, того, кто постоянно ждал подачки, перебивался случайными заработками. Это прозвище могло закрепиться за бедным крестьянином или батраком, живущим с «перепадов», с временных заработков.

Суффикс -ин характерен для северных и центральных областей России, в отличие от южного -ов. Это косвенно указывает, что фамилия могла возникнуть в новгородских, владимирских или вятских землях. В писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются крестьяне с прозвищем Перепада (например, в Переславль-Залесском уезде), но фамилия в её современной форме — Перепадин — закрепилась, вероятно, не ранее XVIII века при переходе от прозвищ к наследственным фамилиям.

Если отбросить маловероятные версии (например, связь с «перепалкой» — ссорой, или с профессиональным термином печников «перепад» в кладке), остаются две равнозначные: географическая и социальная. Первая делает предка жителем пересечённой местности, вторая — человеком, чей достаток был непостоянен. Обе версии не противоречат друг другу и могли сосуществовать в разных родах.