Фамилия Переперко — редкий пример того, как прозвище, связанное с действием или профессией, застыло в фамильной форме. В её основе лежит глагол «перепереть» — в русских говорах он означал «перетащить», «переместить с усилием» или «перекрыть», «загородить». Человек, получивший такое прозвище, мог быть носильщиком, грузчиком на пристани или на рынке — тем, кто постоянно что-то перепирал, то есть перетаскивал тяжести. Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: прозвище дали упрямцу, который «пёр» напролом, пересиливал всех.

Словообразовательная модель здесь нестандартна. Фамилия оформилась с украинским суффиксом -к(о), который в восточнославянской ономастике часто присоединялся к глагольным основам, превращая их в фамилии-прозвища (ср. Недашковский, Забейворота). Суффикс -к(о) указывает на южнорусское или украинское происхождение: такие фамилии массово встречаются на Полтавщине, Черниговщине, в Слобожанщине. Географически Переперко — типичная фамилия левобережной Украины и прилегающих областей России.

Интересно, что фамилия не перешла в более распространённую форму на -ов (Переперков) — это говорит о том, что она закрепилась в письменных документах уже в прозвищной форме, без русификации. Встречаются и однокоренные варианты: Переперин, Переперицын, но они образованы от другой основы — от «перепел» или «перепериться» (встрепенуться). Переперко стоит особняком: его корень — чисто глагольный, связанный с физическим действием.

В сословном отношении носители фамилии, скорее всего, относились к казачеству или крестьянству. В реестрах Запорожского войска и метрических книгах XVIII века можно найти единичные записи Переперко — как правило, это были люди «простого звания», без дворянских привилегий. Фамилия не получила широкого распространения, осталась локальной, что делает её особенно ценной для генеалогического поиска: она не «размыта» массовыми носителями.