Фамилия Перепнихатко сразу привлекает внимание своей громоздкостью и редким суффиксом. Она явно украинского происхождения, и её разбор лучше начать не с корня, а с окончания. Суффикс -атко (реже -ятко) характерен для украинских фамилий, образованных от прозвищ или имён: он указывал на молодого человека, сына или ученика (как русское -ёнок/-онок). Встречается он нечасто, например, в фамилиях Лобатко, Гузатко, и почти всегда говорит о восточно-украинском или южнорусском происхождении носителя.

Основа фамилии — Перепнихат — представляет собой бытовое прозвище. Оно образовано от глагольной формы повелительного наклонения «перепни» (от «перепнуть» — перешагнуть, переступить) и корня «хат» (хата). Буквально «Перепнихатко» — это «тот, кто перешагнул через хату». Звучит нелепо, но в народной ономастике такие прозвища не редкость.

Скорее всего, прозвище носило иронический или гиперболический характер. В украинских сёлах могли так назвать человека очень высокого роста, который, по шутке соседей, мог перешагнуть через низкую хату. Или же, наоборот, это была насмешка над неловким, неуклюжим человеком, который якобы «перепнулся» через порог собственного дома. В любом случае, фамилия не связана с ремеслом или профессией — это чисто прозвищное имя, закрепившееся за родом.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкащине, Харьковщине. В России она встречается крайне редко, в основном у потомков переселенцев конца XIX — начала XX века. Сословная принадлежность предков — почти наверняка крестьянство или казачество: длинные составные прозвища были типичны для сельской среды, где человека могли окрестить за какой-то заметный поступок или особенность.

Известных носителей фамилии Перепнихатко в публичном поле практически нет — это редкая фамилия, не попавшая в справочники знаменитостей. Но именно её редкость и делает её ценной: она сохранила живую народную речь, где шутка и быт сплелись в одно слово.