Фамилия Пергатая — редкий случай, когда географический и диалектный корень почти наверняка перевешивает все остальные версии. В основе лежит не личное имя и не профессия, а местный термин, бытовавший в южнорусских и украинских говорах. Слово «пергат» или «пергатый» означало «пестрый», «рябой», «пятнистый». В некоторых диалектах так говорили о человеке с веснушками или со следами оспы на лице. Таким образом, Пергатая — это прозвище, которое закрепилось за родоначальником из-за его внешности.

Суффикс -ая в окончании указывает на женскую форму. Фамилии на -ая характерны в основном для украинской и южнорусской традиции, где они часто застывали в форме прилагательного женского рода. Мужской вариант этой фамилии — Пергатый. Такая пара (Пергатый / Пергатая) говорит о том, что фамилия возникла не из отчества (тогда было бы Пергатов), а из прямого прозвища, которое не склонялось по падежам в речи, а просто прилагалось к человеку.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным глаголом «пергатить» — «портить», «пачкать», «делать нечистым». В этом случае прозвище могло относиться к неопрятному или небрежному человеку. Однако версия с «пестрым» поддерживается большим количеством однокоренных фамилий в тех же регионах: Пергатов, Пергат, Пергатый, а также фамилий на -енко (Пергатенко), что подтверждает устойчивость корня именно в значении цвета.

Фамилия не относится к дворянским или княжеским родам. Её носители — скорее всего, крестьяне или мещане из Черниговской, Полтавской или Курской губерний. Встречаемость фамилии крайне низкая, и это делает её ценным маркером для генеалогического поиска: если вы Пергатая, ваши корни почти наверняка ведут в конкретную местность, где слово «пергатый» было в ходу.