Фамилия Перга — редкий случай, когда в основе фамилии лежит слово, не утратившее своего прямого значения до сих пор. Пергой называют цветочную пыльцу, собранную пчёлами и утрамбованную в соты. В народе её ещё именуют «пчелиным хлебом» — это основной белковый корм для личинок и молодых пчёл. Фамилия, скорее всего, произошла от прозвища: Пергой могли назвать пасечника, бортника или человека, который торговал мёдом и продуктами пчеловодства. Прозвище давали по роду занятий, и оно закрепилось за потомками.

Фамилия образована без суффикса, по «чистой» модели прозвище → фамилия. В русской традиции такие фамилии встречаются реже, чем патронимы на -ов или -ин. Обычно они фиксировались в тех случаях, когда прозвище было настолько ёмким, что не требовало дополнительного оформления, или когда фамилию записывали в форме, близкой к нарицательному слову. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог — Перга́, хотя в диалектах возможны варианты.

География фамилии узкая. Наибольшая концентрация носителей — в западных и юго-западных областях России, а также на Украине. Это косвенно указывает на западнорусское или малороссийское происхождение: в украинском языке слово «перга» также активно употребляется, и прозвища по ремёслам там были распространены шире, чем в центральных великорусских губерниях, где чаще давали фамилии по именам или внешним признакам.

В ономастических словарях фамилия Перга не относится к числу подробно описанных. Она не упоминается в фундаментальном труде Б. Унбегауна «Русские фамилии», что говорит о её локальном характере и относительно поздней фиксации — скорее всего, не ранее XVIII века, когда фамилии начали массово закрепляться у крестьянства и мещанства. Известных исторических деятелей с этой фамилией нет, что типично для «ремесленных» прозвищных фамилий: их носители оставались в своей среде, не попадая в дворянские родословные книги.

Сравнение с однокоренными фамилиями даёт любопытную картину. Есть фамилия Пергов — с типичным русским суффиксом принадлежности, означающим «сын Перга». А вот Пергин, хотя и звучит похоже, скорее всего, образован от другого корня (от имени Перга, уменьшительной формы от Пётр или Перфилий). Таким образом, Перга — это «чистая» основа, от которой позже пошли более частотные варианты, но сама она сохранила первоначальный вид и прямую связь с пчеловодством.