Фамилия Перханидис — редкий случай, когда русская по происхождению основа соединилась с греческим суффиксом. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, которые оканчиваются на -ов, -ев или -ин, здесь мы видим типично греческий патронимический суффикс -идис (или -иди), который означает «сын» или «потомок». В русском языке этот суффикс встречается почти исключительно в фамилиях греков, переселившихся в Российскую империю, особенно в Причерноморье и на Кубани.

Основа фамилии — «Перхан» — скорее всего, восходит к тюркскому или персидскому имени Перхан, которое в переводе означает «господин» или «владыка». Это имя было распространено у народов Кавказа и Закавказья, где греческие общины жили веками. Таким образом, фамилия Перханидис указывает на грека, чей предок носил восточное имя Перхан. Подобные гибридные фамилии — обычное дело в полиэтничных регионах, где греки заимствовали имена у соседей-тюрок или персов, но оформляли их по своим семейным традициям.

Модель образования проста: к личному имени Перхан добавили греческий суффикс -идис, что буквально означало «сын Перхана». Со временем это указание на отца закрепилось как наследственная фамилия. Встречаются варианты написания — Перханиди или Перханидис, разница только в передаче греческого окончания на русский лад: -ис часто добавляли для удобства склонения.

Географически фамилия тяготеет к югу России: Краснодарский край, Ростовская область, Ставрополье. Именно там в XIX — начале XX века оседали греческие переселенцы из Османской империи. Носители фамилии, скорее всего, были потомками греков-понтийцев, которые сохранили свой язык и обычаи, но в быту использовали имена, принятые у соседних народов. Сословная принадлежность предков, скорее всего, была крестьянской или мещанской — греки в этих краях занимались земледелием, торговлей и ремеслом.

Других версий происхождения, например от славянского корня, нет: сочетание «Перхан» и суффикс -идис однозначно указывает на греко-восточную среду. Эта фамилия — живое напоминание о сложных миграциях и культурном смешении на южных рубежах России.