Фамилия Перханов образована от прозвища или нецерковного имени Перхан. В её основе лежит либо тюркское слово «перхан» (в некоторых диалектах — «берхан»), означавшее «приносящий счастье», «благоденствие», либо русское диалектное «перхать» — кашлять, чихать, с трудом дышать. Второй вариант правдоподобнее, потому что в русских говорах слово «перхун» зафиксировано как прозвище человека с хриплым голосом, кашлем или одышкой. Суффикс -ан в основе Перхан характерен для севернорусских и сибирских говоров: так из глагола «перхать» образовали имя-прозвище со значением «тот, кто перхает».

Фамилия строится по стандартной патронимической модели: Перхан → Перханов, то есть «сын Перхана». Это типичная русская фамилия на -ов, указывающая на принадлежность к отцу. Ономаст Борис Унбегаун относил такие фамилии к числу распространённых в среде крестьян и посадских людей, где фамилии часто возникали из уличных прозвищ.

Географически фамилия Перханов встречается в Поволжье, Западной Сибири и на Урале. В метрических книгах XVIII–XIX веков носители фамилии фиксировались в Пермской, Вятской и Тобольской губерниях. Это указывает на возможное происхождение из среды государственных крестьян или староверов, которые селились на окраинах империи.

Встречаются варианты написания: Перханов, реже Перхонов. Ударение в фамилии чаще падает на второй слог — Перха́нов, хотя в некоторых семьях сохраняется ударение на первый слог, что может говорить о давней диалектной основе.

Однокоренные фамилии — Перхин, Перхов, Перхунов — все они восходят к тому же корню «перх-», но с разными суффиксами. Если Перхунов прямо указывает на прозвище «Перхун» («кашляющий»), то Перханов, возможно, сохранило более архаичную форму с суффиксом -ан, который в древнерусском языке часто придавал имени оттенок ласкательности или принадлежности к определённому типу поведения.