Фамилия Перханова — женская форма фамилии Перханов, и её происхождение стоит искать в прозвище или имени, которое легло в основу. На первый взгляд, корень «перх» вызывает ассоциации с диалектным словом «перхать» — кашлять, откашливаться, что могло быть прозвищем человека с хриплым голосом или болезненного. Однако более вероятна версия, что фамилия образована от уменьшительной формы крестильного имени Парфений (в просторечии Пархан, Перхан) или от редкого имени Перфилий. Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель принадлежности: «чей?» — Перханов, то есть сын или потомок Перхана.

Словообразовательная модель здесь простая: основа «Перхан» плюс патронимический суффикс -ов. Это ставит фамилию в один ряд с такими, как Парханов, Перфильев, Першин. Интересно, что фамилия Перханова встречается нечасто, и её география может подсказать, где именно прозвище было в ходу: следы ведут в северные и центральные регионы России, в частности в Архангельскую, Вологодскую области, где диалектное «перхать» активно употреблялось. В ономастических справочниках, например у Б. Унбегауна, фамилии на -ов от прозвищ с корнем «перх» не выделяются в отдельную группу, но упоминаются в контексте звукоподражательных основ.

Не стоит исключать и версию, что Перхан — это вариант тюркского имени, например Бирхан (с утратой начального «б»), но для русской фамилии это менее характерно. Таким образом, предок носительницы фамилии Перханова скорее всего был человеком, которого в деревне называли Перханом — либо по имени, либо по заметной черте, связанной с кашлем. Сословной принадлежности фамилия не выдаёт: подобные прозвища встречались и у крестьян, и у посадских людей, а дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах не зафиксировано.