Фамилия Перковский — типичный пример «топонимической» фамилии, то есть образованной от названия места, где жил её основатель. В основе лежат названия деревень Перково и Перковка, которые встречаются в разных регионах: деревня Перково есть в Калининской (ныне Тверской) и Пермской областях России, село Перковка — в Харьковской области Украины. Суффикс -ский в таких фамилиях указывает на связь с местностью: он отвечал на вопрос «откуда родом?» и часто встречался у дворянства и духовенства, но в народной среде тоже был распространён, особенно на западе и юге России, а также в Белоруссии и Украине.

Корень названия, по одной из версий, связан с украинским словом «перко» — так называют род сверла, применяемого в столярном деле. Если это так, то селения с таким именем могли славиться столярами. Профессия эта на Руси была почётной и древней: обработка дерева — одно из первых ремёсел, освоенных человеком. Лесные богатства страны давали мастерам безграничный материал, и столяры не только делали утварь и мебель, но и украшали жилища ажурной резьбой, создавали декоративные элементы фасадов. Вполне вероятно, что предок носителей фамилии Перковский либо сам был столяром, либо просто родился или долго жил в одном из населённых пунктов с таким названием.

Интересно, что в исторических документах XX века фамилия Перковский встречается преимущественно среди поляков и жителей западных областей. Так, в середине прошлого века упоминаются Перковский Иосиф Игнатьевич (1887 года рождения, деревня Посково Молодечненской области, поляк), Перковский Мечислав Станиславович (1899 года рождения, город Серач Луцкого воеводства, проживал в Белостоке) и Перковский Эдвард Владиславович (1923 года рождения, город Райгард Белостокской области). Это говорит о том, что фамилия была хорошо известна на территории современной Белоруссии и Польши, что согласуется с географией топонимов: и в этих краях встречаются деревни с похожими названиями. Таким образом, фамилия могла возникать в разных местах независимо, и её носители не обязательно родственники друг другу.

Стоит отметить и альтернативную версию происхождения: в некоторых говорах «перко» могло быть прозвищем человека — например, бойкого или «вертлявого», как сверло. Но эта гипотеза менее убедительна: слишком много населённых пунктов с корнем «Перк-» указывает на то, что фамилия всё же пошла от места жительства.