Фамилия Пермикоза — редкий случай, когда географическое название соединилось с прозвищем, причём соединение это произошло нестандартным для русского языка способом. В отличие от привычных фамилий на -ов/-ин, образованных от названий мест (Перминов, Пермяков), здесь мы видим модель, скорее характерную для южнославянских или польских говоров: основа «Перми-» плюс суффикс-окончание «-коза». Это не русский суффикс принадлежности, а скорее прозвищная форма, где вторая часть — самостоятельное слово «коза».

Самый прямой путь к значению — разобрать фамилию как прозвище «Пермская коза» или «Коза из Перми». В русских говорах слово «коза» имело не только прямое значение, но и переносные: так могли назвать бойкую, упрямую или капризную женщину, а также человека с козлиной бородкой или резким голосом. Если носитель фамилии — мужчина, прозвище могло относиться к его характеру: «упрямый, как пермский козёл», но женский род слова «коза» указывает, что прозвище, скорее всего, дали женщине или что фамилия закрепилась за потомками по женской линии. Впрочем, в польской традиции фамилии на -коза (например, Коза, Козак) встречаются как у мужчин, так и у женщин без родовой привязки.

Есть и вторая, менее очевидная версия: фамилия могла возникнуть как искажённое или переосмысленное на слух другое слово. Например, в основе может лежать диалектное «пермик» — житель Перми (ср. «пермяк»), а «-оза» — суффикс, который в русских говорах иногда прирастал к прозвищам (ср. «заноза»). Но тогда форма была бы «Пермикоз» или «Пермикозов», а не «Пермикоза». Поэтому версия с прозвищем «Пермская коза» остаётся основной: она объясняет и редкий суффикс, и сохранение женского окончания.

Географически фамилия почти не встречается в современных реестрах. Единичные носители могли быть выходцами из Пермской губернии, где прозвища с привязкой к месту жительства были обычны. Социальный состав, скорее всего, крестьянский или мещанский — такие составные прозвища редко встречались у дворян. В целом, Пермикоза — не столько фамилия в привычном смысле, сколько застывшее бытовое прозвище, которое закрепилось за одним родом и сохранило свою необычную форму.