Фамилия Перникоза — редкий случай в русском ономастиконе. Её основа и суффикс сразу выдают нерусское происхождение: окончание -оза нехарактерно для славянских фамилий, которые обычно заканчиваются на -ов, -ин или -ский. Скорее всего, перед нами румынская или молдавская фамилия, адаптированная к русской письменной традиции.

Разбираем слово по частям. Корень «перник» в румынском языке (pipernic) означает «перец», но в переносном смысле — «перник» или «пиперник» — это пряник, часто с добавлением перца или других пряностей. Суффикс -оза в румынских фамилиях указывает на принадлежность, происхождение или характерный признак. Таким образом, Перникоза могла означать «относящийся к прянику», «пряничник» или «тот, кто делает пряники». Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: от «перник» как прозвища человека с острым, «перчёным» характером.

Географически фамилия тяготеет к Бессарабии и Молдавии — территориям, где веками смешивались румынское, украинское и русское население. В Российской империи XIX века многие молдавские крестьяне, переезжая в Новороссию или на Кубань, получали или записывали фамилии по месту выхода или роду занятий. Перникоза могла закрепиться за семьёй пекарей или торговцев пряностями.

В русском языке фамилия не склоняется по падежам в мужском роде (Иван Перникоза), но в женском может оставаться неизменной. Встречается она крайне редко: по открытым базам данных, носителей — не более нескольких десятков человек в России и Молдавии. Никаких известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, что только подтверждает её локальный, ремесленный корень.