Фамилия Перникуза настолько редкая, что её почти не встретишь ни в официальных справочниках, ни в базах данных современных ЗАГСов. Скорее всего, это не русская фамилия в привычном понимании, а транслитерация или русифицированная запись фамилии из другого языка. Наиболее вероятная версия — молдавское или румынское происхождение.

В румынском языке слово «pernicuță» (перникуцэ) — это уменьшительно-ласкательная форма от «pernă» (подушка). Буквально «подушечка», «маленькая подушка». Фамилия, скорее всего, образована от прозвища. Так могли назвать человека мягкого, спокойного нрава, либо того, кто шил или торговал подушками. В русской записи окончание -а закрепилось как типичное для женского рода, но носителем мог быть и мужчина.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная — связь с итальянским «pernice» (куропатка). Однако в таком случае фамилия скорее писалась бы как Перниче или Перничи, а не Перникуза. Склонение по падежам (Перникузы, Перникузе) подтверждает, что фамилия осмысляется как существительное женского рода, что характерно для заимствованных фамилий, попавших в русский язык через украинскую или молдавскую среду.

Географически фамилия могла возникнуть в Бессарабии (современная Молдова и Одесская область Украины), где исторически было сильное румынское влияние. В дореволюционных метрических книгах можно было встретить варианты написания: Перникуца, Перникуцэ. Суффикс -уца (-уцэ) в румынских фамилиях — один из самых распространённых, он указывает на принадлежность к роду или на уменьшительность, как в фамилиях Кодряну, Крецу, Лупу. Таким образом, Перникуза — это не «сын Перника», а скорее «маленькая подушка» или «подушкин», ставшее личным прозвищем, а затем и фамилией целого рода.