Фамилия Перогонгов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа — «Перогон» — не встречается ни в крестильных святцах, ни в списке распространённых прозвищ. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно разобрать слово по частям и привлечь диалектную лексику.

Первая часть, «перо», в русских фамилиях обычно указывает либо на птицу (перо), либо на орудие письма (гусиное перо), либо на ремесло, связанное с обработкой пера (скорняк, работавший с пухом). Вторая часть — «гон» — многозначна. В говорах «гон» означает и охоту (гон зверя), и расстояние (гон земли), и даже дорогу. Но самое интересное — «гон» как часть сложных слов, обозначающих ремесло или занятие: скажем, «кожогон» (выделывающий кожу) или «смологон» (гонящий смолу). Вероятнее всего, Перогонгов — это вариант фамилии, образованной от прозвища Перогон, которое могли дать человеку, занимавшемуся выделкой птичьего пера (например, для подушек или письменных принадлежностей) или, что менее вероятно, охотнику на птицу.

Суффикс -ов указывает на типичную модель русской фамилии: «чей?» — Перогонгов, то есть сын или потомок Перогона. Фамилия могла возникнуть в центральных или северных губерниях России, где было развито птицеводство и промысел пуха. В письменных источниках эта фамилия встречается крайне редко, что подтверждает её локальный, возможно, даже единичный характер. В советских телефонных справочниках и базах данных военнослужащих Перогонговы изредка фиксируются в Поволжье и на Урале, но не образуют плотных гнёзд.

Если предположить, что корень «пер» мог быть искажён при переписи (вместо «Пирогон» или «Парогон»), то версия с «пирогом» или «паром» маловероятна: в фамилиях на -огон ударение обычно падает на последний слог, а в «Перогонгов» оно устойчиво на «о», что сохраняет ясность первого слога. Таким образом, самая правдоподобная версия — прозвище по занятию: тот, кто гоняет (обрабатывает, сортирует) перо.