Фамилия Перпеков — редкая и неочевидная. В ней нет привычного «Иван — Иванов», и её корень не лежит на поверхности. Чтобы понять происхождение, нужно отбросить суффикс -ов (указывающий на принадлежность: «чей?» — Перпеков) и разобраться с основой «Перпек».

Скорее всего, перед нами фамилия тюркского происхождения. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) распространено имя или прозвище Перпек. Оно может восходить к слову «перпек» — в некоторых диалектах так называют бойкого, шустрого человека, непоседу, или же к глаголу со значением «трепетать, колебаться». В этом случае прозвище давали либо подвижному, живому человеку, либо, напротив, тому, кто постоянно суетится и не может усидеть на месте.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная: искажение при записи фамилии в документах. Например, от фамилии Перфильев (от имени Перфилий) или от Перпетуев (от латинского «perpetuus» — постоянный, вечный). Однако для простой крестьянской или мещанской среды латинские корни — редкость, а искажение «Перфильев» в «Перпеков» маловероятно фонетически.

Географически фамилия тяготеет к регионам Поволжья и Урала — местам смешанного русско-татарского населения. Носители фамилии Перпеков, судя по скудным историческим данным, могли быть выходцами из татарских или башкирских родов, принявших православие, либо русскими, получившими прозвище от соседей-тюрков.

Таким образом, Перпеков — это «сын Перпека», то есть потомок человека с прозвищем, которое, скорее всего, характеризовало его характер или поведение. Фамилия не дворянская, не географическая — она сугубо бытовая, прозвищная, и её редкость говорит о том, что род был немногочисленным или сильно локализованным.