Фамилия Пертенава образована от прозвища Пертен, которое, предположительно, восходит к топониму Пертен. Название местности Пертен восходит к тюркскому «бер» («пер») - «один, начальный, первый», «одинаковый, равный» и слову «тен» со значением «река». А вот суффикс –ава может указывать на мегрельское происхождение родоначальника.