Фамилия Пержаница — редкий случай, когда суффикс указывает на географию точнее, чем корень. Окончание «-ица» в русских фамилиях встречается нечасто, чаще оно характерно для западнославянских языков: польского, украинского, белорусского. Скорее всего, перед нами фамилия, закрепившаяся за выходцем из мест, где говорят на этих наречиях, или за человеком, которого прозвали по названию его родного села или хутора.

Корень «Пержан-» почти наверняка восходит к польскому или украинскому слову «перж» — так называли перец, пряность. В старину прозвище Перж мог получить торговец пряностями, тот, кто любил острую пищу, или даже человек с резким, «перчёным» характером. К основе добавили суффикс «-ан-» (указывающий на принадлежность или свойство), а затем — типичный для западнославянских фамилий суффикс «-ица». Получилось «Пержаница» — буквально «сын (или потомок) Пержа», «тот, кто из рода Пержа».

По другой версии, фамилия могла образоваться от названия населённого пункта вроде Пержаново или Пержаны. Такие топонимы встречаются в Польше и на западе Украины. В этом случае Пержаница — человек, который переселился из этих мест и получил прозвище по старому месту жительства. В пользу этой гипотезы говорит то, что фамилии на «-ица» часто давали именно переселенцам, чтобы отличить их от местных.

В русских документах фамилия Пержаница почти не встречается — это говорит о её локальном бытовании, скорее всего, в западных губерниях Российской империи или в Польше до разделов. Сословная принадлежность неясна: носитель мог быть и крестьянином, и мещанином. В любом случае, фамилия сохранила звучание, которое для русского уха кажется необычным, а для поляка или украинца — совершенно естественным.