Фамилия Пессина — одна из тех, что ставит исследователя перед выбором между несколькими корнями. В ней нет очевидного суффикса владельческой принадлежности (-ов, -ев, -ин), что сразу указывает на более позднее или нерусское происхождение. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или имени, которое в русской среде подверглось адаптации.

Основная версия ведет к итальянскому слову «реssimo» — «худший», «плохой». В диалектах северной Италии так могли назвать человека со скверным характером или незадачливого. Попасть в Россию такая фамилия могла через итальянских архитекторов, музыкантов, торговцев, работавших в XVIII–XIX веках. Второй, более редкий вариант — от французского «péssine» (устар. «мелкий, ничтожный»), но он менее вероятен, так как фамилия почти не встречается во французских ономастиконах.

Нельзя исключать и чисто славянский след. В говорах Псковской и Тверской областей «песс» или «песок» в переносном смысле означало «мелкий, несерьезный человек». Однако суффикс -ина в таком случае дал бы значение «сын Пессы» (если бы Пёссой звали отца), что для русских фамилий нетипично: обычно -ин присоединяется к основе на -а/-я (Петя → Петин). Форма Пессина с двумя «с» и окончанием -ина скорее говорит о том, что фамилия была заимствована целиком, а не образована на русской почве.

Географически фамилия встречается рассеянно, без плотного гнезда. Её носители фиксируются в Москве, Санкт-Петербурге, на юге России. В дореволюционных списках Пессины не принадлежали к дворянству — это мещанская или купеческая фамилия, что косвенно подтверждает версию о приезжих мастерах или ремесленниках. Родственных фамилий (Песс, Пессов, Пессенко) почти нет, что делает Пессину изолированной и, вероятно, сравнительно поздней по времени появления.

В итоге наиболее правдоподобное объяснение: фамилия восходит к итальянскому прозвищу Pessino (уменьшительное от реssimo — «худенький», «плохонький»), которое закрепилось за переселенцем или его потомками. Славянская версия слабее из-за нестандартной словообразовательной модели.